Efektywność filtracyjna filtrów HEPA zmniejsza się nieznacznie wraz z ich starzeniem się, okres eksploatacji sięga 3-4 miesiące, a w niektórych przypadkach nawet rok. Wszystko jednak zależy od tzw. „przygotowania powietrza”, czyli od zastosowanie odpowiedniej filtracji wstępnej. Jeśli wentylacja jest dobrze wykonana, zdarzają się przypadki, gdy filtry HEPA wytrzymują 4 lata.
